新疆科协成立于1960年4月，至今已召开过六次代表大会，第一届科协主席是涂治，第二、三届科协主席是阿巴斯•包尔汗，第四、五届科协主席是许鹏，第六届科协主席王怀玉,第七届科协主席是张国梁。新疆科协是由拥有10.2万个个人会员、2439个团体会员的118个自然科学学会（协会、研究会）， 15个地州市科协， 750个乡镇企业科协及县级科协、街道科协、厂矿科协、农村专业技术协会等组成。

    新疆科协内设8个部门：办公室、组织人事部、计划财务部、调研宣传部、学会学术部（国际部）、科学技术普及部、老干处、机关党委，反邪教协会。下设8个事业单位：科技馆、青少科技中心、咨询服务中心、科普服务中心、科普杂志社、国际民间交流中心、后勤服务中心、少数民族科普工作队。

作为新疆科技界的代表，新疆科协及所属团体工作的指导思想是，坚持以邓小平理论和“三个代表”重要思想为指导，全面落实科学发展观，认真履行自治区党委和人民政府联系科技工作者的桥梁和纽带职责，坚持为经济建设服务、为提高全民科学素质服务、为科技工作者服务，团结和动员各族科技工作者努力为“科技兴新”、人才强区战略、为全面建设小康社会、建设创新性国家、建立和谐社会作贡献。

新疆科协及所属团体的主要任务是：开展学术交流，活跃学术思想，促进学科发展;弘扬科学精神，普及科学知识，传播科学思想和科学方法,捍卫科学尊严，推广先进技术，开展青少年科学技术教育活动，提高全民族科学文化素质;反映科学技术工作者的意见和要求，维护科学技术工作者的合法权益,组织科学技术工作者参与自治区科学技术政策、法规制定和事务的政治协商、科学决策、民主监督工作;表彰奖励优秀科学技术工作者，举荐人才;开展科学论证、咨询服务，提出政策建议，促进科学技术成果的转化，接受委托承担项目评估、成果鉴定、专业技术职务资格评审等任务;开展民间国际科学技术交流活动，发展同国外的科学技术团体和科学技术工作者的友好交往;开展继续教育和培训工作等。